우주세기 0105년. 제2차 네오지온 항쟁 이후 12년이 흐른 뒤에도 지구연방정부의 부패와 지구 환경 파괴는 더욱 심화되고, ‘인간 사냥’이라 불리는 강제 이주 정책으로 민간인들까지 억압받는 시대가 이어진다. 현실에 저항하기 위해, 아무로 레이와 샤아 아즈나블의 사상을 계승한 반정부 조직 ‘마프티’가 등장해 지구연방 고위층을 대상으로 한 테러를 감행하며 세상을 뒤흔든다. 한편, 연방군의 영웅 브라이트 노아의 아들인 하사웨이 노아는 지구로 향하던 셔틀 ‘하운젠’에서 마프티를 사칭한 테러리스트 사건에 휘말린다. 이 과정에서 연방군 장교 케네스 슬렉과 협력해 위기를 해결하지만, 실은 그가 바로 ‘마프티 나비유 에린’이라는 사실은 누구도 알지 못한다. 이후 하사웨이는 케네스의 집요한 추적과 함께, 셔틀에서 만난 신비로운 소녀 기기 안달루시아와의 관계 속에서 점차 자신의 신념과 감정 사이에서 갈등하게 된다.
부패한 체제를 무너뜨리기 위한 투쟁과, 그로 인해 희생될 수 밖에 없는 상황 속에서 하사웨이는 끝까지 정체를 숨긴 채, 자신이 선택한 길을 걸어갈 수 있을 것인가?