신비로운 생명체와 아름다운 자연을 자랑하는 행성, 판도라. 지구에서 찾아 볼 수 없는 새로운 생명체들이 풍부한 이 곳은 판도라의 종족 나비(Navi)의 고향이다.

불의의 사고로 하반신이 마비되어 삶의 의미를 잃어버린 해병대 군인 제이크는 판도라를 조사하기 위한 프로젝트에 참여하게 되고, 나비족과 같은 육체에 인간의 의식을 주입한 아바타로 다시 태어나 판도라 행성을 탐험한다. 처음 만난 나비 족인 네이트리에게 판도라의 생활을 배우는 제이크. 점차 그들은 서로에게 이끌리고, 제이크는 지구에서 느껴보지 못했던 삶의 기쁨을 느끼며 판도라의 생활에 익숙해져 간다.

한편, 지구인들은 고갈된 자원을 탈취하기 위해 판도라를 공격하고, 제이크는 어느 편에도 서지 못하고 갈등에 빠진다. 이제 이들에겐 막을 수 없는 거대한 전쟁이 닥쳐오고, 제이크는 한 문명을 구하기 위해 전투를 주도한다