"300년전 일본은 사무라이의 나라였다. 도쿠가와의 천하 통일로 태평성대를 구가하던 시대에 나는 사무라이 아들로 태어났다..." 1999년 현재에 존재하는 주인공 헤이지로의 이 나레이션으로부터 영화 <사무라이 픽션>은 타임머신을 타고 과거로 거슬러 올라가 시작된다. 1696년 나가시마 지역 사무라이 칸젠의 아들 헤이지로가 에도에서 검술 수업을 마치고 고향으로 돌아온 즈음 이 집안에는 일대 소동이 일어난다. 장군가로부터 전수받은 검을 지키기위해 고용한 떠돌이 검술인 카자마츠리가 동료를 해치고 검을 빼앗아 모습을 감춘 것이다. 보검의 도난 사실이 밖으로 알려지면 집안은 장군가와 절연하게 되는 위기에 처하므로 당황한 칸젠은 일단, 가짜 보검을 만들어 사건을 수습한다. 이 사실을 전해들은 헤이지로는 아버지의 제지를 물리치고 친구 쿠로사와, 스즈키와 함께 카자마츠리의 뒤를 쫓는다. 카자마츠리의 위협적인 검술을 익히 알고 있는칸젠을 아들이 신변 보호를 위해 비밀리에 닌자를 고용해 그 뒤를 따르게 한다. 드디어 카자마츠리를 발견한 헤이지로는 용기있게 나서지만 칼은 휘둘러보지도 못하고 친구 쿠로사와를 잃음을 물론, 자신의 목숨도 위협받기에 이른다. 그러나 우연히 이곳을 지나던 한베이의 도움으로 위기를 모면한 헤이지로는 그의 집에서 상처를 치료받는다. 산속에서 딸 코하루와 단둘이 살고 있는 한베이는 보통의 사무라이 답지 않은 평화주의자..."사람은 죽여서는 안된다"고 헤이지로에게 가르치는 한베이는 그러나 가공할 검의 달인이었다...